Le conseil est investi des pouvoirs les plus étendus pour prendre toutes les décisions qui ne sont pas réservées à l'assemblée générale, notamment en matière financière, économique et sociale.
En matière de caractère propre, les administrateurs s'engagent à respecter le caractère propre de l’établissement.
En matière sociale :
Selon les modalités définies dans les accords conclus au sein de l'Enseignement Catholique, le conseil d'administration engage le chef d'établissement et signe son contrat après agrément de l'autorité de tutelle; de même, il met fin à son contrat de travail avec l'accord de l'autorité de tutelle.
Le conseil d'administration, en accord avec le chef d'établissement, recrute et licencie tous les personnels de droit privé. Il peut déléguer ce pouvoir.
Le conseil d'administration est responsable de l'application de la législation sociale et des conventions collectives.
En matière financière et économique :
Il transige et négocie, il acquiert et aliène tous les biens et contracte les emprunts et ouvertures de crédit dans la limite de l'autorisation de l'assemblée générale.
Le conseil délibère sur le budget et en arrête les modalités d'application, en suit régulièrement l'exécution, fixe le montant des contributions, des participations des familles, les prix de la restauration, de l'hébergement etc.
Dans le second degré, le budget est proposé par le chef d'établissement.